Sim, tem o mesmo valor.

A apresentação do código da Certidão Permanente a qualquer entidade púbica ou privada substitui, para todos os efeitos, a apresentação de uma certidão em papel, não podendo aquelas entidades exigir a apresentação desta (cf. n.º 5 do artigo 110.º do Código do Registo Predial, na redacção dada pelo Decreto-Lei n.º 116/2008, de 4 de Julho).