O GPP tem por missão apoiar a definição das linhas estratégicas, prioridades e objectivos das políticas do Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas (MADRP) e coordenar, acompanhar e avaliar a sua aplicação, integrando a componente ambiental e as orientações em matéria de ordenamento e gestão sustentável do território, bem como assegurar as relações internacionais do Ministério.